בנובמבר 2009 התגלה וירוס הiPhone הראשון, Ikee, אשר תקף מכשירי iPhone שהגדרות התצורה שלהם שונו בלי לשנות את סיסמת הRoot ברירת המחדל. הוירוס, שנכתב ע"י בחור אוסטרלי שרצה ללמד לקח, לטענתו, את פורצי המכשירים שלא השכילו לשנות את סיסמת הRoot. קוד הוירוס הופץ לציבור וקהילת אבטחת המידע חששה מואריאנטים חדשים וזדוניים יותר של הוירוס, אשר לא איחרו להגיע (Ikee.B). למערכות הפעלה של טלפונים ניידים נכתבו מספר וירוסים וסוסים טרוייאנים כגון Skulls, cabir ו- Doomboot אשר חלקם מפיצים עצמם באמצעות BlueTooth ממכשיר למכשיר. הנזקים האפשריים מוירוסים מסוג זה עלולים לנוע בין שינוי תמונת שומר המסך ועד פריצת מנגנון אבטחת המכשיר וניטרול אפליקציות מסויימות בו. כדי למנוע הדבקה של וירוסים סלולריים, מומלץ להתקין בטלפון הנייד תוכנת אנטיוירוס המותאמת למערכת ההפעלה המותקנת במכשיר.